Нью-Йорк, зоопарк. Здесь живут друзья-животные: самовлюблённый лев Алекс, зебра Марти, гиппопотамиха Глория и вечно больной жираф Мелман. Друзьям очень хорошо живётся — их прекрасно кормят, замечательные условия содержания. Кроме того, все они родились в условиях зоопарка, и поэтому даже не представляют, что такое дикая природа. Лишь только зебра Марти периодически философски задумывается о том, что вот они так проживают жизнь изо дня в день, и ничего интересного в ней нет. Однажды Марти увидел, как пингвины тайно копают подземный ход. Он узнал, что они решили сбежать на волю. Марти загорается этой идеей и сбегает.

Оставшиеся друзья решают догнать его и вернуть обратно в зоопарк. Алекс, Глория и Мелман выбегают в город. Они добираются на метро до Большого Центрального Вокзала, где встречают Марти. Естественно, что остаться незамеченными им не удаётся. На вокзал прибывает полиция, и зверей усыпляют дротиками со снотворным.

Очнулись все четверо в ящиках во время перевозки в национальный природный заповедник Кении, так как люди решили, что они совершили побег от желания свободы. Сидя в ящиках, Марти и Алекс начинают ссориться, в результате чего получается так, что ящики падают в воду и их приносит на побережье Мадагаскара...